cygwinというのは、エミュレータのたぐいではなく、LINUX-API互換のDLL上で、LINUXアプリを走らせるフリーソフトです。
cygwinはバージョンアップの速度が速いので、この製品を購入するよりは、cygwinのサイトから無料でダウンロードしたほうが断然良いです。
cygwinのサイトからダウンロードできるネットワークインストーラは初心者でも簡単に使用できますので。
なお、cygwin上で動作させることができるのは、cygwin用に配布されているパッケージのみです。
cygwin自体には、あまり利用価値がなく、あったとしても、gccコンパイラを使用することくらいだと思います。
間違ってもLINUXのかわりに使おうとは思わないで下さい（cygwinはosではなく、あくまでアプリの実行環境なので）。

windows上でunixを使いたいのであれば、vmwareを使用して好みのosを使ったほうが1000000000倍良いです。

Linux を 1 から知る・学ぶのであれば、VMware や VirtualPC などのエミュレーションツールを使用するのが吉です。